La prima stagione si è conclusa con l’inizio della lotta politica su Bejor per la successione al ruolo di capo spirituale.
La seconda stagione si apre con una nuova minaccia da Bejor: il gruppo xenofobo “The Circle” che vuole liberare Bejor dalle influenze aliene. Arriverà nel terzo episodio ad invadere la stazione spaziale.
Molti episodi dedicati a Dax, la simbionte: “Invasive Procedures”, “Playing God”, e “Bload Oath”, il migliore, dove Dax si ritrova legata in un patto di sangue che dei Klingon hanno contratto con in una sua vita precedente.
Anche Quark naturalmente ha i suoi episodi: “Rules of aquisition” e “Rivals”.
O’Brian avrà uno dei migliori episodi della stagione: “Wispers”, uno strano mistero nel quale sarà coinvolto al ritorno da una missione, e che vedremo esclusivamente dal suo punto di vista.
Qualche episodio standalone anche in questa stagione: “Melora” è un episodio dedicato alle disabilità, con un alieno che è incapacitato a muoversi nella gravità terrestre; “Paradise” Sisko e O’Brian son intrappolati su un pianeta dove alcuni terrestri vivono senza tecnologia; e “Shadowplay” un altro pianeta dove in una città la gente sparisce misteriosamente.
In questa stagione conosciamo anche qualcosa sul passato della stazione con “Necessary Evil” ambientato quando la stazione era ancora sotto il controllo Cardassiano.
L’universo dello specchio che avevamo scoperto nell’episodio “Mirror Mirror” della serie classica ricomparirà per la prima volta in “Crossover” dove scopriremo che l’impero terrestre non è più egemone.
In un doppio episodio veniamo a conoscenza dell’esistenza dei “Maquis”: un gruppo di partigiani composto da ex membri di Starfleet, e coloni delle zone cadute sotto il controllo Cardassiano dopo gli accordi di pace. I Maquis li ritroveremo nella settima stagione di The Next Generation, e avranno un ruolo centrale in Voyager.
Ma è un’altra minaccia quella che lentamente comincia a farsi strada nella seconda stagione, una minaccia che proviene dal quadrante delta: il misterioso Dominion. La stagione si conclude rivelando il braccio armato del dominion: il Jem’Hadar.